Река Лена яв­ля­ет­ся важ­ней­шей транс­порт­ной ар­те­ри­ей Яку­тии, со­еди­няя мно­же­ство населённых пунк­тов рес­пуб­ли­ки и свя­зы­вая её с фе­де­раль­ной транс­порт­ной ин­фра­струк­ту­рой. По Лене про­из­во­дит­ся ос­нов­ная часть «се­вер­но­го за­во­за»  — до­став­ка гру­зов в рай­о­ны Край­не­го Се­ве­ра.

В по­след­ние годы часто на­блю­да­ет­ся силь­ное об­ме­ле­ние реки в лет­ние ме­ся­цы, что ста­вит под угро­зу срыва до­став­ку про­дук­тов и топ­ли­ва на зиму в не­ко­то­рые арк­ти­че­ские рай­о­ны.

Сред­не­го­до­вое ко­ли­че­ство ат­мо­сфер­ных осад­ков в бас­сей­не реки прак­ти­че­ски не ме­ня­ет­ся, сред­не­го­до­вой сток реки в по­след­нее время даже не­мно­го уве­ли­чил­ся. Ос­нов­ной при­чи­ной об­ме­ле­ния реки в лет­нее время учёные на­зы­ва­ют из­ме­не­ние ре­жи­ма вы­па­де­ния в бас­сей­не реки ат­мо­сфер­ных осад­ков в те­че­ние года  — умень­ше­ние их ко­ли­че­ства в лет­нее время. Зна­чи­тель­ное вли­я­ние на вод­ный режим реки, по мне­нию учёных, ока­зал и ан­тро­по­ген­ный фак­тор  — хо­зяй­ствен­ная де­я­тель­ность че­ло­ве­ка.